Model knalpot Honda CBR250RR berbeda dengan motor lainnya yang beredar di Indonesia, lebih tepatnya, muffler, begitu bagian knalpot paling ujung belakang ini disebut, menganut model dual muffler.

Dipasang bertingkat, kedua muffler ini membuat tampilan Honda CBR250RR menjadi makin sporty.

Tak hanya tampilan, suara yang dikeluarkan pun menyumbang nilai sporty motor ini. Bukan berarti suara knalpotnya menggelegar, namun suaranya berkarakter, khasnya motor multi-silinder.

Konfigurasi knalpot Honda CBR250RR adalah 2-1-2, dengan bahasa lain, dua pipa dari bagian mesin, lalu disatukan pada bagian bermodel tabung, dan kemudian dibagi lagi dua pada bagian muffler.